Hỏi đáp về quy định miễn thuế TNDN cho doanh nghiệp vừa và nhỏ

Tiếp nối ấn phẩm “Vướng mắc khi áp dụng quy định miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho doanh nghiệp nhỏ và vừa”, HM&P tiếp tục cập nhật và giải đáp một số tình huống pháp lý phát sinh trong thực tiễn áp dụng chính sách miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu theo Nghị định số 20/2026/NĐ-CP.

Trong phần tiếp theo này, từ Câu 7, HM&P tập trung làm rõ thêm các trường hợp cụ thể mà doanh nghiệp có thể gặp phải trong quá trình xác định điều kiện, thời gian và phạm vi áp dụng ưu đãi miễn Thuế TNDN, qua đó giúp doanh nghiệp có thêm cơ sở tham khảo khi thực hiện chính sách này trên thực tế.

7. Khi thành lập vào tháng 01/2026, doanh nghiệp được xác định là doanh nghiệp nhỏ và vừa theo Nghị định 80/2021/NĐ-CP. Đến tháng 12/2027, doanh nghiệp tăng trưởng (mở rộng quy mô, tăng số lao động đóng bảo hiểm xã hội bình quân năm, tăng doanh thu, v.v.) đến mức vượt tiêu chí để được xem là doanh nghiệp nhỏ và vừa. Lúc này vẫn đang trong thời gian hưởng miễn Thuế TNDN 03 năm theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, vậy doanh nghiệp đó có còn được hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN nữa không? Ưu đãi miễn Thuế TNDN 03 năm lúc này được tính như thế nào?

HM&P:

Không. Kể từ kỳ tính thuế mà doanh nghiệp không còn đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp sẽ không được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN cho kỳ tính thuế đó.

Nguyên nhân là vì cơ chế hưởng ưu đãi này áp dụng theo nguyên tắc tự xác định điều kiện cho từng kỳ tính thuế mà không xác định một lần duy nhất, do đó không áp dụng cố định cho cả 03 năm. Bộ Tài chính đã xác nhận rõ nguyên tắc này khi trả lời một tình huống tương tự trên Báo Điện tử Chính phủ ngày 12/5/2026[1].

Đối với tình huống nêu trên, ưu đãi miễn Thuế TNDN sẽ được tính như sau: vì doanh nghiệp vẫn còn đáp ứng điều kiện doanh nghiệp nhỏ và vừa trong các kỳ tính thuế 2026 và 2027, doanh nghiệp vẫn được giữ nguyên phần ưu đãi đã hưởng cho hai năm này mà không bị truy thu ngược lại. Đối với kỳ tính thuế năm 2028, doanh nghiệp chính thức không còn đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa, do vậy doanh nghiệp cần lưu ý xác định chính xác các điều kiện ưu đãi thuế phù hợp với tình hình thực tế của doanh nghiệp để kê khai và quyết toán thuế theo quy định.

8.Doanh nghiệp nhỏ và vừa đủ điều kiện hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN 03 năm theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, đồng thời có dự án đầu tư tại địa bàn khó khăn thì được áp dụng ưu đãi thuế nào?

HM&P:

Theo quy định, trong trường hợp nếu một khoản thu nhập của doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế TNDN theo khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP, đồng thời thuộc diện được miễn, giảm thuế theo một quy định khác nằm ngoài quy định này thì doanh nghiệp không được cộng dồn cả hai chính sách để hưởng cả hai ưu đãi. Doanh nghiệp chỉ được lựa chọn áp dụng một chính sách có lợi nhất và sau khi đã lựa chọn thì phải duy trì ổn định, không được thay đổi trong suốt thời gian hưởng ưu đãi, kể cả khi về sau nhận thấy phương án còn lại có lợi hơn[2].

Trong tình huống doanh nghiệp có dự án đầu tư tại địa bàn khó khăn thì mức ưu đãi tương ứng được quy định cụ thể tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP, tức là miễn thuế 02 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 04 năm tiếp theo[3]. Đây là mức ưu đãi chỉ áp dụng cho phần thu nhập từ dự án đầu tư tại địa bàn khó khăn và phải được hạch toán riêng[4] chứ không áp dụng cho toàn bộ thu nhập chịu thuế.

Vì vậy, do quy định cho phép lựa chọn ưu đãi có lợi hơn nên doanh nghiệp không bị bó buộc phải áp dụng đồng thời hay theo một hướng cố định mà hoàn toàn có quyền chủ động cân đối, tính toán dựa trên tình hình và kế hoạch kinh doanh thực tế của mình để chọn chính sách ưu đãi thuế phù hợp nhất với doanh nghiệp.

9. Để được hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN 03 năm theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp có phải làm thủ tục xin xác nhận hay đăng ký trước với cơ quan thuế không?

HM&P:

Về nguyên tắc chung, doanh nghiệp không cần phải thực hiện thủ tục xin xác nhận hay đăng ký trước với cơ quan thuế. Cơ chế áp dụng là doanh nghiệp tự xác định, tự kê khai và tự chịu trách nhiệm. Cơ quan thuế cũng không cấp riêng một “quyết định miễn thuế” nào cho doanh nghiệp và việc kiểm tra liệu rằng ưu đãi có được áp dụng chính xác hay không chỉ diễn ra khi thanh tra, kiểm tra sau này. Theo Thông tư 20/2026/TT-BTC, doanh nghiệp tự xác định các điều kiện miễn thuế, giảm thuế, thời gian miễn thuế để kê khai và quyết toán thuế với cơ quan thuế. Đây cũng là hướng giải đáp của Bộ Tài chính cho một tình huống thực tế tương tự trên Báo Điện tử Chính phủ ngày 12/5/2026 [5].

Dưới đây là một số lưu ý về mặt kỹ thuật cho doanh nghiệp khi xác định các điều kiện miễn thuế, giảm thuế, thời gian miễn thuế khi kê khai và quyết toán thuế:

10. Doanh nghiệp nhỏ và vừa được thành lập và được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu trước ngày Nghị quyết số 198/2025/QH15 có hiệu lực (ngày 17/5/2025) thì có được hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP không? Thời gian hưởng miễn Thuế TNDN được tính thế nào?

HM&P:

Có. Doanh nghiệp vẫn được hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN cho khoảng thời gian còn lại của thời hạn 03 năm, miễn là tại thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực (ngày 17/5/2025), thời gian hoạt động của doanh nghiệp vẫn đang nằm trong khung 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Nguyên tắc tính thời gian hưởng ưu đãi:

• Áp dụng chung: Theo Nghị quyết 198/2025/QH15, chính sách miễn Thuế TNDN 03 năm được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, không phân biệt doanh nghiệp thành lập trước hay sau ngày Nghị quyết có hiệu lực[6].
• Với doanh nghiệp thành lập trước 17/5/2025: Để được hưởng ưu đãi, thời điểm cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu phải từ sau ngày 17/5/2022 (nhằm đảm bảo chưa vượt quá thời hạn 03 năm tính đến ngày 17/5/2025). Doanh nghiệp sẽ được miễn thuế TNDN cho phần thời gian ưu đãi còn lại.

Thực tiễn áp dụng:

Ví dụ doanh nghiệp A thành lập ngày 20/05/2022 thì đến ngày 17/05/2025, doanh nghiệp A vẫn còn được áp dụng miễn thuế TNDN nếu đáp ứng doanh đủ điều kiện doanh nghiệp vừa và nhỏ khi tính thuế TNDN năm 2025. Vì năm 2025 là năm còn lại duy nhất trong thời hạn 3 năm được hưởng ưu đãi của trường hợp doanh nghiệp A. Điều này cũng được các cơ quan thuế hướng dẫn chi tiết. Cụ thể:

• Thuế cơ sở 2 tỉnh Khánh Hòa đã có hướng dẫn thông qua Công văn số 4532/TCS2-QLDN2 ngày 20/4/2026. Theo đó, một công ty đăng ký kinh doanh lần đầu ngày 06/3/2023, đáp ứng đủ tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa theo quy định[7] và không thuộc các trường hợp bị loại trừ tại điểm b khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP.
• Tính đến ngày 17/5/2025 (Nghị quyết có hiệu lực), công ty mới hoạt động được hơn 02 năm. Khung ưu đãi 03 năm của công ty này sẽ kết thúc vào đầu tháng 3/2026.
• Do đó, nếu đáp ứng đủ tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa[8] và không thuộc các trường hợp loại trừ theo quy định[9], công ty vẫn được hưởng miễn Thuế TNDN theo quy định này cho kỳ tính thuế năm 2025.  

11. Công ty TNHH một thành viên được thành lập vào ngày 01/8/2026, thuộc đối tượng doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn Thuế TNDN 03 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP. Vậy Công ty có được lựa chọn lùi thời gian bắt đầu miễn Thuế TNDN, tức bắt đầu áp dụng trong 03 năm 2027, 2028, 2029 và bỏ qua kỳ tính thuế năm 2026 không?

HM&P:

Có. Trong trường hợp này, Công ty có thể lựa chọn thời gian được hưởng miễn Thuế TNDN là 03 năm 2027, 2028, 2029 và bỏ qua kỳ tính thuế năm 2026.

Theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, nếu năm đầu tiên hoạt động chưa đủ 12 tháng thì doanh nghiệp có quyền chọn một trong hai phương án sau, (i) hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN ngay từ năm đầu tiên; hoặc (ii) đăng ký với cơ quan thuế để dời thời điểm bắt đầu tính 03 năm miễn Thuế TNDN sang kỳ tính thuế tiếp theo[10].

Trong trường hợp này, doanh nghiệp thành lập ngày 01/8/2026, thì năm 2026 chỉ còn lại 05 tháng dương lịch, vậy lúc này doanh nghiệp sẽ được lựa chọn một trong hai phương án, (i) hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN từ năm 2026 (kê khai trong kỳ tính thuế 2026); hoặc (ii) đăng ký với cơ quan thuế để dời thời điểm tính 03 năm miễn Thuế TNDN bắt đầu từ năm 2027.

Chính vì vậy, doanh nghiệp được quyền chọn phương án có lợi hơn, tức là bỏ qua kỳ tính thuế năm 2026 và bắt đầu tính thời hạn miễn Thuế TNDN từ kỳ tính thuế năm kế tiếp, gồm năm 2027, 2028, 2029.

Sở dĩ doanh nghiệp thường lựa chọn phương án (ii), bởi lẽ, trong thời gian mới thành lập, doanh nghiệp phần lớn đang trong giai đoạn đầu tư ban đầu, chưa ổn định doanh thu, thậm chí nhiều khả năng phát sinh lỗ hoặc lợi nhuận rất thấp. Nếu như bắt đầu tính miễn Thuế TNDN từ kỳ tính thuế năm 2026, thì doanh nghiệp khó có thể tận dụng được các ưu đãi từ năm đó vì không có hoặc có rất ít thu nhập chịu thuế để được miễn. Do đó, phương án dời thời điểm bắt đầu hưởng ưu đãi sẽ giúp doanh nghiệp tận dụng được chính sách này một cách triệt để và hiệu quả hơn.

Một lưu ý quan trọng cho doanh nghiệp là quy định dùng từ “đăng ký”. Thực tiễn cho thấy, phương án dời thời điểm tính 03 năm miễn thuế TNDN sẽ không được tự động áp dụng cho doanh nghiệp mà doanh nghiệp phải thực hiện đăng ký với cơ quan thuế. Nếu doanh nghiệp không thực hiện bước này, cơ quan thuế sẽ theo hướng mặc định là doanh nghiệp đã lựa chọn phương án hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN từ năm 2026. Chính vì vậy, để tránh trường hợp cơ quan thuế mặc định tính ưu đãi từ năm 2026, doanh nghiệp cần chủ động gửi văn bản đề nghị đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi thực hiện kê khai thuế cho kỳ tính thuế năm 2026.

Ví dụ, đối với Công ty được thành lập ngày 01/8/2026 và lựa chọn không tính năm 2026 là năm đầu tiên của thời gian miễn Thuế TNDN, Công ty nên chủ động gửi văn bản đăng ký với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi nộp hồ sơ quyết toán Thuế TNDN năm 2026, thay vì chờ đến kỳ tính thuế năm 2027.

Cách thực hiện này vừa phù hợp với yêu cầu “đăng ký” tại khoản 5 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP, vừa tạo bằng chứng rõ ràng về thời điểm và nội dung lựa chọn của doanh nghiệp trong trường hợp cơ quan thuế kiểm tra việc áp dụng ưu đãi sau này.