Vướng mắc khi áp dụng quy định miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho doanh nghiệp nhỏ và vừa

LỜI MỞ ĐẦU

Đảng và Nhà nước xác định kinh tế tư nhân là động lực quan trọng của nền kinh tế[1], hàng loạt cơ chế, chính sách đặc biệt đã được ban hành nhằm tháo gỡ khó khăn, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp nhỏ và vừa phát triển. Một trong những chính sách được cộng đồng doanh nghiệp đặc biệt quan tâm là quy định miễn thuế thu nhập doanh nghiệp (“Thuế TNDN”) trong 03 năm đầu kể từ thời điểm được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu theo Nghị quyết số 198/2025/QH15 và được quy định chi tiết tại Nghị định số 20/2026/NĐ-CP.

Đây là một chính sách mang tính đột phá, có ý nghĩa thiết thực trong việc giảm gánh nặng tài chính cho doanh nghiệp trong giai đoạn bắt đầu hoạt động - thời điểm doanh nghiệp thường phải đối mặt với nhiều rủi ro và áp lực về dòng tiền. Tuy nhiên, do đây là chính sách mới được ban hành và triển khai, quá trình áp dụng trên thực tế đã và đang phát sinh không ít vướng mắc. Các vướng mắc xoay quanh việc xác định đúng đối tượng được hưởng ưu đãi, cách tính thời gian miễn Thuế TNDN trong các tình huống đặc thù; thủ tục, hồ sơ cần chuẩn bị để áp dụng đúng quy định, ....

Xuất phát từ thực tiễn tư vấn, đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình tìm hiểu và áp dụng pháp luật, HM&P nhận thấy nhiều vấn đề pháp lý liên quan đến ưu đãi miễn Thuế TNDN cho doanh nghiệp nhỏ và vừa cần được hệ thống hóa và giải thích một cách rõ ràng, dễ tiếp cận, gắn liền với các tình huống thực tế mà doanh nghiệp thường gặp phải.

Ấn phẩm “Vướng mắc khi áp dụng quy định miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho doanh nghiệp nhỏ và vừa” được HM&P soạn thảo và phát hành nhằm cung cấp cho doanh nghiệp, người quản lý doanh nghiệp và các cá nhân, tổ chức quan tâm một cái nhìn thực tiễn, dễ hiểu và dễ áp dụng. Nội dung Ấn phẩm được trình bày dưới hình thức hỏi - đáp, bám sát các quy định pháp luật hiện hành, đặc biệt là Nghị quyết số 198/2025/QH15, Nghị định số 20/2026/NĐ-CP cùng các công văn giải đáp thực tế của cơ quan thuế đối với những tình huống cụ thể phát sinh trong quá trình áp dụng.

Xin lưu ý, ấn phẩm này không thay thế cho ý kiến tư vấn pháp lý áp dụng đối với từng trường hợp cụ thể. Thay vào đó, ấn phẩm được chúng tôi xây dựng như một tài liệu tham khảo ban đầu, giúp doanh nghiệp nhận diện các vấn đề pháp lý trọng yếu, hiểu rõ hơn quyền lợi và nghĩa vụ của mình, đồng thời chủ động rà soát, chuẩn bị hồ sơ để áp dụng đúng và tận dụng hiệu quả chính sách ưu đãi này.

Trong trường hợp Quý vị có bất kỳ thắc mắc nào liên quan đến nội dung của ấn phẩm hoặc có nhu cầu sử dụng các dịch vụ pháp lý do HM&P cung cấp, vui lòng liên hệ với chúng tôi theo thông tin dưới đây:

Luật sư điều hành:

Luật sư Nguyễn Văn Phúc

Số điện thoại: 0932 768 630

Email: phuc.nguyen@hmplaw.vn

Công ty Luật TNHH HM&P

Địa chỉ: Tầng 10, Tòa nhà ITAXA, 126 Nguyễn Thị Minh Khai, Phường Xuân Hòa, TP. HCM

Số điện thoại: +84 28 73080839

Email: counsel@hmplaw.vn

Website: hmplaw.vn

1. Đối tượng nào được xem là doanh nghiệp nhỏ và vừa để được áp dụng quy định miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP?

HM&P:

Để được áp dụng quy định miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp cần đáp ứng tiêu chí: (i) đăng ký kinh doanh lần đầu và (ii) thuộc trường hợp doanh nghiệp nhỏ và vừa[2].

Thứ nhất, việc đăng ký kinh doanh lần đầu được hiểu là việc một doanh nghiệp mới trên thị trường được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, mà không hình thành từ việc (a1) sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp hoặc (b1) thành lập doanh nghiệp mới mà người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người này không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người góp vốn nhiều nhất của doanh nghiệp mới đã từng là người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người góp vốn nhiều nhất tại một doanh nghiệp khác đang hoạt động hoặc đã giải thể nhưng chưa đủ 12 tháng.

Thứ hai, để được coi là doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp phải đáp ứng những tiêu chí về (a2) số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm và (b2) tổng doanh thu của năm hoặc tổng nguồn vốn của năm[3].

Tiêu chí xác định doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ và doanh nghiệp vừa

Các ngưỡng cụ thể của từng tiêu chí có sự khác biệt tùy vào các lĩnh vực hoạt động khác nhau của doanh nghiệp, do đó doanh nghiệp cần xác định chính xác lĩnh vực hoạt động của mình căn cứ vào ngành, nghề kinh doanh chính mà doanh nghiệp đã đăng ký với cơ quan đăng ký kinh doanh theo Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam[4].

2. Thủ tục xác định doanh nghiệp nhỏ và vừa để hưởng chính sách ưu đãi miễn Thuế TNDN 03 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP?

HM&P:

Doanh nghiệp tự xác định quy mô và tự kê khai là doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ hoặc doanh nghiệp vừa theo mẫu Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định 80/2021/NĐ-CP, đồng thời chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung kê khai.

Việc xác định doanh nghiệp nhỏ và vừa được thực hiện trên cơ sở các tiêu chí quy định tại Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa và Nghị định 80/2021/NĐ-CP. Trường hợp doanh nghiệp phát hiện việc kê khai chưa chính xác thì phải chủ động điều chỉnh và kê khai lại trước thời điểm được hưởng chính sách hỗ trợ.

Cơ quan, tổ chức có thẩm quyền không cấp một văn bản riêng để công nhận doanh nghiệp nhỏ và vừa. Khi doanh nghiệp đề nghị hưởng chính sách hỗ trợ, cơ quan, tổ chức hỗ trợ sẽ đối chiếu thông tin doanh nghiệp trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp để xác định doanh nghiệp có thuộc đúng đối tượng được hỗ trợ hay không.

Trên thực tiễn, mặc dù doanh nghiệp được tự xác định quy mô, nhưng việc kê khai không trung thực hoặc kê khai sai để hưởng ưu đãi có thể dẫn đến hậu quả pháp lý. Trường hợp phát hiện ra kê khai sai, doanh nghiệp có trách nhiệm điều chỉnh và kê khai lại trước thời điểm được hưởng các chính sách hỗ trợ. Nếu phát hiện doanh nghiệp có hành vi cố ý kê khai không trung thực để được hưởng hỗ trợ, doanh nghiệp phải hoàn trả toàn bộ kinh phí hoặc lợi ích đã được hưởng và chịu trách nhiệm theo quy định của pháp luật nếu cố ý kê khai không đúng về quy mô doanh nghiệp[5]. Riêng đối với việc áp dụng ưu đãi miễn Thuế TNDN, việc doanh nghiệp kê khai không trung thực về quy mô của mình, dẫn đến kê khai sai căn cứ tính thuế còn có nguy cơ bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

Như vậy, để được áp dụng chính sách miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp không phải thực hiện thủ tục xin xác nhận doanh nghiệp nhỏ và vừa, mà phải tự xác định, tự kê khai đúng quy mô doanh nghiệp theo Nghị định 80/2021/NĐ-CP[6] và đáp ứng đầy đủ các điều kiện hưởng ưu đãi theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP.

3. Việc kê khai không trung thực hoặc kê khai không đúng trong tờ khai thuế về việc được hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN có thể dẫn đến những trách nhiệm pháp lý nào?

HM&P:

Hành vi vi phạm: Việc doanh nghiệp kê khai không trung thực hoặc kê khai không đúng trong tờ khai thuế về việc được hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN được xem là hành vi xác định sai trường hợp được miễn thuế dẫn đến tăng số thuế được miễn (với điều kiện các nghiệp vụ kinh tế này đã được ghi nhận, phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán)[7].

Hình thức xử phạt và biện pháp khắc phục hậu quả: Đối với hành vi trên, hình thức xử phạt chính áp dụng đối với doanh nghiệp là phạt 20% số tiền thuế đã được miễn[8]. Cụ thể, doanh nghiệp sẽ bị phạt 20% tính trên số tiền thuế khai tăng trong trường hợp được miễn thuế[9]. Ngoài ra, doanh nghiệp còn phải nộp đủ số tiền thuế được miễn, nộp tiền chậm nộp; hoặc nộp bổ sung các tài liệu trong hồ sơ thuế, cung cấp thông tin[10].

Ngoại lệ:  

• Doanh nghiệp có thể không bị xử phạt vi phạm hành chính, tức không bị phạt 20% số tiền thuế được miễn, trong trường hợp doanh nghiệp tự phát hiện, đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, cơ quan có thẩm quyền khác công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện[11].

Dù không bị xử phạt 20% số tiền thuế được miễn, doanh nghiệp vẫn có nghĩa vụ nộp tiền chậm nộp[12], vì về bản chất, tiền chậm nộp được xem là tiền thuế nợ mà doanh nghiệp chưa nộp vào ngân sách nhà nước khi hết thời hạn nộp theo quy định[13].

• Vượt quá thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính – 05 năm: theo khoản 7 Điều 44 Luật Quản lý Thuế 2025 thì hành vi khai sai dẫn đến tăng số tiền thuế được miễn áp dụng thời hiệu xử phạt là 05 năm, kể từ ngày thực hiện hành vi vi phạm[14].

Theo đó, ngày thực hiện hành vi vi phạm được xác định như sau: ngày thực hiện hành vi khai sai dẫn đến tăng số tiền thuế được miễn là ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế mà người nộp thuế thực hiện khai thiếu thuế hoặc ngày tiếp theo ngày cơ quan có thẩm quyền ra quyết định miễn thuế[15].

Tuy nhiên, dù quá thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính, doanh nghiệp vẫn phải nộp đủ tiền thuế truy thu (số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn cao hơn quy định, tiền chậm nộp tiền thuế) vào ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 năm trở về trước, kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm[16].

Ngoài ra, tùy theo tính chất của từng vụ việc, hành vi cụ thể, doanh nghiệp còn có thể bị xem là có hành vi trốn thuế. Cụ thể, một trong các hành vi trốn thuế là hành vi sử dụng chứng từ, tài liệu không phản ánh đúng bản chất giao dịch hoặc giá trị giao dịch thực tế để xác định sai số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn[17]. Ví dụ, một doanh nghiệp nhỏ và vừa, đáp ứng các điều kiện tại khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP, có giao dịch chuyển nhượng vốn của doanh nghiệp (tại doanh nghiệp khác) cho một chủ thể khác trong thời gian đang được hưởng miễn Thuế TNDN 03 năm. Theo quy định, thu nhập từ chuyển nhượng vốn không được áp dụng miễn Thuế TNDN[18]. Tuy nhiên, dù bản chất của giao dịch là chuyển nhượng vốn, song doanh nghiệp và bên nhận chuyển nhượng lại ký kết “hợp đồng vỏ bọc”, tức là các hợp đồng dưới tên gọi khác, như hợp đồng ủy thác đầu tư, hợp đồng hợp tác, hợp đồng cho thuê tài sản dài hạn (thu tiền một lần với giá trị tương đương giá chuyển nhượng), hợp đồng vay vốn (với mức lãi suất bất thường, hoặc lồng ghép các điều khoản bù trừ công nợ song thực chất là nhằm chuyển nhượng quyền sở hữu phần vốn góp), ... Sau đó, doanh nghiệp hạch toán thu nhập từ giao dịch “vỏ bọc” thuộc thu nhập được miễn thuế TNDN, kê khai và quyết toán thuế cuối năm. Trong trường hợp cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra, hành vi trên có khả năng rất cao bị xem là hành vi trốn thuế và sẽ bị xử phạt theo quy định pháp luật.

4. Có phải mọi thu nhập của doanh nghiệp nhỏ và vừa đều được miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP?

HM&P:

Đối với các doanh nghiệp nhỏ và vừa, không phải mọi loại thu nhập đều được miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP. Dưới đây là các loại thu nhập[19] khi phát sinh sẽ không được áp dụng ưu đãi miễn thuế TNDN trên:

Bản chất các khoản thu nhập nêu trên không phải là đối tượng mà chính sách ưu đãi thuế hướng tới. Bởi lẽ, chính sách miễn, giảm Thuế TNDN nói chung được thiết kế nhằm khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào hoạt động sản xuất, kinh doanh, đổi mới sáng tạo và tạo việc làm, nâng cao đời sống kinh tế - xã hội của đất nước. Đặc biệt, doanh nghiệp nhỏ và vừa với các hoạt động kinh doanh được khuyến khích như trên càng được Nhà nước tạo điều kiện thuận lợi hơn so với các doanh nghiệp quy mô lớn.

Do đó, đối với các khoản thu nhập không thuộc các trường hợp được khuyến khích, hoặc các hoạt động kinh doanh đặc thù yêu cầu sự quản lý chặt chẽ của Nhà nước do có ảnh hưởng sâu sắc đến đời sống xã hội, doanh nghiệp vẫn phải xác định và hạch toán, nộp Thuế TNDN theo quy định pháp luật hiện hành.

5. Nghị định 20/2026/NĐ-CP quy định đối tượng được miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu là “doanh nghiệp nhỏ và vừa”. Tuy nhiên, theo Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp siêu nhỏ là một bộ phận thuộc nhóm doanh nghiệp nhỏ và vừa. Vậy, chính sách miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 03 năm đầu nêu trên có áp dụng cho cả doanh nghiệp siêu nhỏ hay không?

HM&P:

Có. Chính sách miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu được áp dụng cho cả doanh nghiệp siêu nhỏ nếu đáp ứng các điều kiện quy định theo pháp luật.

Theo quy định, doanh nghiệp nhỏ và vừa bao gồm doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ và doanh nghiệp vừa[21].

Vì vậy, nếu một doanh nghiệp siêu nhỏ đăng ký kinh doanh lần đầu và không thuộc các trường hợp loại trừ theo quy định[22] thì vẫn đủ điều kiện để được hưởng ưu đãi miễn thuế Thuế TNDN trong 03 năm đầu.

Cách hiểu này cũng phù hợp với hướng dẫn của Thuế tỉnh Bắc Ninh tại Công văn số 1661/BNI-QLDN1, theo đó doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ và doanh nghiệp vừa (được xác định theo Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa và các văn bản hướng dẫn) đều thuộc đối tượng được áp dụng chính sách miễn Thuế TNDN trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, nếu không thuộc các trường hợp bị loại trừ theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP.

6. Doanh nghiệp A (được xác định là doanh nghiệp nhỏ và vừa) thành lập vào tháng 01/2025. Người đại diện theo pháp luật (không phải thành viên góp vốn) của Doanh nghiệp A, trước đây từng là người đại diện theo pháp luật của Doanh nghiệp B. Vậy Doanh nghiệp A có được hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP hay không?

HM&P:

Có. Trong trường hợp này, Doanh nghiệp A vẫn được hưởng ưu đãi miễn Thuế TNDN trong 03 năm đầu, nếu đáp ứng các điều kiện khác của Nghị định 20/2026/NĐ-CP.

Căn cứ theo quy định tại Nghị định 20/2026/NĐ-CP, các trường hợp không được hưởng ưu đãi bao gồm doanh nghiệp thành lập mới mà người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã từng tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò là người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất trong các doanh nghiệp đang hoạt động hoặc đã giải thể nhưng chưa được 12 tháng tính từ thời điểm giải thể doanh nghiệp cũ đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới[23].

Trong tình huống này, người đại diện theo pháp luật của Doanh nghiệp A không phải là thành viên góp vốn. Do đó, người này thuộc ngoại lệ được quy định ngay trong điều khoản nêu trên. Việc người này trước đây từng là người đại diện theo pháp luật của Doanh nghiệp B không làm phát sinh trường hợp loại trừ đối với Doanh nghiệp A.

Trên thực tiễn, khi xem xét điều kiện hưởng ưu đãi, các cơ quan sẽ đánh giá bản chất của chủ thể có quyền sở hữu hoặc quyền chi phối doanh nghiệp, thay vì chỉ căn cứ vào chức danh người đại diện theo pháp luật. Vì vậy, nếu người đại diện theo pháp luật chỉ là người quản lý thuê, không góp vốn và Doanh nghiệp A không thuộc các trường hợp loại trừ khác (như thành lập do chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp), thì Doanh nghiệp A có cơ sở để được hưởng chính sách miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm đầu theo Nghị định 20/2026/NĐ-CP.